Boyabat’ın Topografik yapısı, Karadeniz Bölgesi’nin özellikleri dışında daha arazili bir özellik gösterir. Çöküntüler ve sel yarıkları ile dikkati çeken arazinin Topografik yapısı 2. 3. 4. jeolojik zamanda oluşmuştur.  

Boyabat Karadeniz Bölgesi’nde olmakla birlikte deniz iklimi özellikleri taşımamaktadır. Orta Anadolu'nun karasal iklimi daha çok hakimdir. Yazları sıcak, Kışları soğuktur. İlçe sınırlarından geçmekte olan Gökırmak, bir vadi meydana getirmiştir. Bu vadi tabanında tarımsal değeri yüksek Kültür arazileri oluşmuştur. Bu toprakların %60’ı sulanabilmektedir. Bu vadide Türkiye'nin en kaliteli pirinci yetişmektedir. 

Yılda ortalama yağış alan gün sayısı 80 olup, 300-400 mm yıllık yağış almaktadır. Yılın en sıcak ayı Temmuz-Ağustos, en soğuk ayları Ocak ve Şubattır. Boyabat’ta hakim rüzgarlar Poyraz ve Yıldız olup, yağmur Batı Rüzgarları ile gelir,  Doğu yönünde seyreder.